A casi cuatro siglos de su estadía en Puebla, el legado del obispo Juan de Palafox y Mendoza, sigue vigente tanto en la iglesia como en la política, y sus obras son admiradas por toda la sociedad.
Al inaugurarse la VII Asamblea Diocesana, en el Santuario Guadalupano el arzobispo de Puebla, Víctor Sánchez Espinosa se refirió al legado del beato, cuyos restos son venerados en la catedral de Puebla, esta obra fue consagrada por él, como la iglesia principal para albergar a los fieles sin distingos.
Recordó que construyó más de cuarenta templos en México durante su obispado y  se ve en todas ellas una uniformidad de estilo que falta en otras diócesis mexicanas, hablándose del –estilo Palafoxiano–.
Dijo que Palafox es un modelo de valores familiares; a pesar de la adversidad, fue el hijo que supo amar, perdonar, comprender, respetar y obedecer a sus padres, un hermano amoroso y solidario.
Fue un estudiante entregado; un profesionista ético; un ciudadano comprometido; un gobernante con espíritu de servicio; y un pastor discípulo y misionero de Cristo.
El arzobispo indicó que  en esta época estupenda y compleja que nos ha tocado vivir, Palafox se nos ofrece como ejemplo de valentía, creatividad y audacia, que puso todo de su parte para edificar una sociedad más justa, humana y segura, que favoreciera el auténtico desarrollo de toda la gente sin excluir a nadie.
“Con sus limosnas y socorros construyó las parroquias de San Miguel, la de San Juan Bautista. En la primera está el pozo donde el arcángel San Miguel, según la tradición, hizo brotar el agua ante los ojos atónitos del Indio Diego Lázaro. Fundó también el llamado Colegio de las Vírgenes, donde en pocos años salían veinticinco nativas casadas y dotadas, viviendo en clausura otras treinta internas. Fue tal su labor en todo momento que en todo lugar quitó los ídolos, sustituyéndolos por la Santa Cruz y nuestros santos. Fundó el hospital de San Pedro en la Puebla, donde a pesar de sus ocupaciones iba personalmente a ver a los enfermos mostrando su caridad y amor por los pobres”

Palafox, Político y Sacerdote                                   
En tanto el doctor en historia  Juan Pablo Salazar Andreu, al hacer una reflexión de la obra de Juan de Palafox, durante la VII Asamblea dijo que la Ciencia de gobernar a los pueblos se llama Política, y este hombre tuvo vocación y actuación política extraordinarias durante su vida. Su obsesión política fue intensa, primero en los asuntos de los gobernados, los súbditos del rey, y más tarde, ya sacerdote y arzobispo de la Puebla de los Ángeles, su política era la de Dios en aquellas tierras de las Españas. El 25 de octubre de 1629 fue nombrado para el Consejo de Indias y en el cargo de fiscal. Años más tarde deja la fiscalía y pasa a ser consejero y, por fin, el decano, empezando entonces ya su vida penitentísima que irá en aumento y en grado heroico hasta su santa muerte.
Dijo que Palafox  y Mendoza a los veintiséis años consultaba al rey, ponía al día expedientes retrasados, impedía los fraudes a la real hacienda, llevaba la paz a los litigantes, y lo mismo Felipe IV que el conde duque de Olivares comprobaron las relevantes cualidades del joven navarro.
En 1620 Palafox abraza el estado eclesiástico. Felipe IV lo nombra, aun sin ser sacerdote, canónigo tesorero de la catedral de Tarazona en 1628, y en 1629 es ordenado sacerdote.
El 27 de noviembre de 1639, después de llevar diez años de vida sacerdotal, fue promovido a obispo de la Puebla de los Ángeles en México, cuya catedral, abandonada desde su construcción iniciada en tiempos de Carlos V, la terminó y bendijo.