Antes del logro de la autonomía en la universidad poblana, jóvenes universitarios de varios países de América Latina, incluyendo México, aspiraban a la liberad de cátedra, sustentada en el derecho a la libertad de pensamiento.
En Puebla, la autonomía era ya una aspiración y una demanda estudiantil, sobre todo después de que ésta le fuera otorgada a la Universidad Nacional, en 1929.
A la par de la transformación del Colegio del Estado en universidad, en 1937, los estudiantes manifestaron su deseo de obtener la autonomía; sin embargo, no fue sino hasta 1956 cuando las circunstancias generaron un movimiento estudiantil decididamente apoyado por el Consejo Universitario, que culminó con la declaración de autonomía por parte del Congreso del estado y promulgado por el gobernador Rafael Ávila Camacho.
Sin embargo, la autonomía plena se lograría siete años después, con la promulgación de la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma de Puebla, en 1963, fruto de un movimiento de reforma universitaria iniciado en 1961.
La autonomía dio a la universidad la libertad y la responsabilidad de nombrar a sus autoridades, definir sus planes y programas de estudio y el destino de los recursos financieros para el cumplimiento de sus funciones de institución educativa pública.
Hoy, la máxima casa de estudios de Puebla goza de la independencia en la toma de decisiones sobre las tareas académica y científica, la vinculación y la aplicación de los recursos, pero también asume responsablemente el compromiso de rendir resultados de calidad a la sociedad.
La autonomía es un logro y un compromiso de todos los universitarios. No se trata de una conquista estática, sino de una responsabilidad permanente que la Universidad Autónoma de Puebla asume con la convicción de que la educación superior debe cumplir un papel esencial para el desarrollo del estado y del país.