La Junta de Gobierno de la UPAEP determinó, en su sesión ordinaria celebrada el 12 de abril de 2016, que Emilio José Baños Ardavin tomará el cargo de Rector para el periodo comprendido del 1 de agosto de 2016 al 31 de julio de 2019. 

Desde el 2012, Baños Ardavin, fue invitado a formar parte de la Junta de Gobierno de la UPAEP, dejando de ser miembro de la misma para asumir la Dirección General de Desarrollo Humano y Administración, tomando cargo de su primer periodo como rector el 1 de agosto de 2013. El nombramiento será dado a conocer en breve a la comunidad universitaria y sociedad en general.