Pase lo que pase, en relación a la investigación que lleva a cabo la Comisión Nacional de Derechos Humanos, sobre el caso Chalchihuapan, el resto del actual sexenio, el gobernador del Estado de Puebla, Rafael Moreno Valle, quedará marcado por la represión en la Junta Auxiliar de San Bernardino Chalchihuapan, "es algo que ya quedó, haga lo que haga, ya quedó, por lo tanto, el recuento de los daños, es de un gobierno que no ha sabido gobernar con la sociedad".
Lo que muestra el caso de Chalchihuapan, dijo el politólogo de la Universidad Iberoamericana, Juan Luis Hernández Avendaño, es un gobierno que parece trabajar por intereses y por objetivos, solamente para la clase gobernante, sin el consenso de la sociedad civil.