El 22 de marzo de 2025, la presidenta de México, Claudia Sheinbaum, en colaboración con los gobiernos de Puebla y Tlaxcala, encabezó el inicio del programa de limpieza y restauración del Río Atoyac. Este esfuerzo conjunto busca mitigar los efectos de la contaminación en el afluente y se extenderá por al menos tres años.

Durante la jornada, la presidenta enfatizó la importancia de prevenir la contaminación mediante la regulación de descargas industriales, la modernización de plantas de tratamiento de aguas residuales y la reforestación de la cuenca para evitar la erosión y sedimentación del río. La Comisión Nacional del Agua (CONAGUA), liderada por Efraín Morales, supervisará estas tareas en coordinación con la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA) y la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT).

El gobernador de Puebla, Alejandro Armenta, ha destacado previamente que el rescate del Atoyac debe abordarse desde su origen en Tlaxcala, ya que la contaminación comienza desde su nacimiento y se intensifica a lo largo de su cauce. En Puebla, el plan incluye la participación de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP) y el Instituto Politécnico Nacional en estrategias de oxigenación del agua. Además, la Secretaría de Marina intervendrá en la eliminación del exceso de lirio acuático en el lago de Valsequillo, donde desembocan las descargas. También se contempla un plan para el mejor aprovechamiento del agua en distritos de riego, con el objetivo de evitar la sobreexplotación de los mantos acuíferos. 

El programa de saneamiento involucra a más de 7,337 voluntarios en 70 municipios de Puebla y Tlaxcala, quienes participarán en acciones de limpieza en ambas márgenes del río.

Estas labores incluyen recolección de basura y cascajo, desazolve, poda y retiro de maleza, recuperación de zonas federales, colocación de señalética y limpieza de caminos. En estas actividades colaboran trabajadores de CONAGUA, instituciones académicas, agricultores, empresas, organizaciones ambientalistas y la sociedad civil.