Aunque sus autoridades centrales se negaron por mucho tiempo a entrar en los sistemas de calidad que exigen las autoridades educativas, finalmente, la Universidad Mesoamericana recibió el reconocimiento de calidad de parte de la norma internacional ISO 9001 en su versión 2008, así lo reveló su rector, Salvador Calva Morales.

En ese contexto, dijo que en el marco de los 30 años de la institución, se trabaja con calidad desde que iniciaron, sin embargo, hoy en día, cumplen con lo solicitado por la Secretaría de Educación Pública, “procesos que son costos y caros, pero no solamente lo que te cobra la certificadora, sino en mantener al personal en el trabajo correspondientes”.
 
El compromiso de las autoridades centrales, agregó Calva Morales, es cumplir con los requerimientos de las autoridades, “la universidad tienen demostrada su calidad a través de sus egresados, que están bien colocados y hacen las cosas bien, aunque hoy la exigencia de la autoridad es tener un documento que te avale a través de una certificadora importante”.