No todo fueron rosas en la vida de Palafox, y la lectura de sus libros explica que encontró dificultades en su labor pastoral. Más no es cosa de que aquí nos ocupemos de ellas porque brillantes escritores de la Compañía de Jesús han hecho justicia a su labor.
“El gran aprecio que dicho Obispo tuvo a la Compañía de Jesús y de muchos jesuitas sus principales consejeros e incluso colaboradores, no fue óbice para que discrepara a veces en defensa de los sacrosantos derechos de su Iglesia de Puebla y de insobornables obligaciones episcopales”, dice el padre Argaiz.
Las funciones religiosas en las —doctrinas o parroquias— eran desempeñadas por religiosos por falta de clero secular, misión que se propuso Palafox que fuera desempeñada con los nuevos sacerdotes que allí se formaban, sobre todo indígenas, porque así estuvo también dispuesto por el concilio de Trento, por la Santa Sede y por la Monarquía Española. Palafox quería que cada parroquia o doctrina tuviera la misma situación económica, porque había en su obispado setecientos clérigos que para poder vivir tenían que pedir limosna.
El venerable Palafox exigió a las órdenes religiosas que mostraran sus licencias para confesar y predicar, así como el empleo de los diezmos. Fue la labor más difícil, pero Palafox puso orden en todo. “Era todo lo sucedido ajeno a la santidad de su carácter, al esplendor de sus cargos y a la sublimidad de sus talentos y nobleza de su sangre”, dice el padre Alegre, de la Compañía de Jesús.
San Jerónimo y San Agustín, las dos grandes lumbreras de la Iglesia Católica, tuvieron disensiones agrias, y pueden entre si pleitear laudablemente los hombres más rectos, los mas ejemplares y las más religiosos. Cuanto expone el padre Alegre tiene mucho valor, porque le tocó vivir el destierro de la Compañía de Jesús y su disolución por Carlos III.
El padre Astráin corrige a sus hermanos mexicanos haciendo indirectamente una apología del venerable Palafox. El sumo pontífice Inocencio X juzgó justo que se prohibiera predicar y administrar los sacramentos a quienes no tenían licencias, y por lo tanto tenían que ser examinados, tesis que Palafox defendió hasta el final. Hubo imprudencias en algunas circunstancias de los que se enfrentaron con Palafox. Efectivamente, Palafox tuvo que enfrentarse con importantísimos problemas canónicos y le tocó vivir las realidades sociales y psicológicas del ambiente histórico de la época, viéndose envuelto en luchas en contra de su voluntad, problemas todos graves que existían antes de su llegada. El venerable Palafox permanecía fuera de la Puebla de los Ángeles en visitas pastorales muchas veces.
Seguramente su salud quebrantada movió al Rey a trasladarlo a España. Bendijo la catedral el 18 de junio de 1647. El 17 de mayo de 1648 hace una larga gira por sus diócesis durante los conflictos que allí hubo, volviendo el 10 de noviembre del mismo año. El 6 de febrero de 1648 le manda Felipe IV la orden de volver a la península, comunicándolo así a sus diocesanos el 6 de febrero de 1649.
La despedida en la catedral la hizo el 27 de abril de 1649, y la misa solemne donde sus fieles mexicanos lloraban al decirle adiós es el 6 de mayo de 1649, embarcándose el 10 d junio.
“Dióle Dios tan grande amor en hacer este servicio a la Virgen de la
Concepción, que era la devoción así racional como sensible, que decía muchas veces a esta piadosísima Señora y a muchos de los que le ayudaban a esta obra que con gran gusto quería acabarla y morir un día después de haberla acabado por asegurar a Dios este servicio y a la Virgen este gusto.”
Carlos V empezó la catedral de Puebla de los Ángeles en 1550. Estaba abandonada hacia más de veinte años. Gastó en ella 300 mil y 60 reales de a ocho, trabajando 200 personas entre oficiales y peones.