El agente del Ministerio Público de San Pedro Cholula informó de la muerte de Fernando, ocurrida durante la mañana del domingo 18 de diciembre, por lo que dio entrada a la constancia de hechos 6183/2011/SPECHO, girando instrucciones de que el cuerpo fuera trasladado al anfiteatro del Panteón Municipal para que el médico legista se haga cargo de la necropsia.
El cuerpo de Francisco lo encontró su hermano, quien fue a buscarlo a la bodega. Lo vio suspendido de una de las vigas con una venda que tenía amarrada al cuello. Como pudo lo bajó y trató de reanimarlo pero se dio cuenta de que ya no tenía signos vitales, por lo que dio parte a las autoridades y éstas al representante social para que se inicien las primeras investigaciones.
En el lugar del suicidio fue hallado un recado póstumo donde pidió perdón por la determinación que tomó y solicitó que no se preocupe a nadie de su muerte.
Se dijo que Francisco se encontraba deprimido porque se había separado de su esposa, pero como ocurren en estos casos, nadie de sus familiares se percató de que pensaba suicidarse.