Zlatan Ibrahimovic abrió el marcador a los 53 minutos mediante un tiro de penal, falta que cobró el árbitro porque un defensor checo tocó el balón con la mano.
Los jugadores del Viktoria criticaron vivamente la decisión del árbitro por considerar que su compañero no había tocado la pelota de manera intencional.
Antonio Cassano aseguró el triunfo a los 66 con el segundo tanto, luego de recibir un pase del sueco Ibrahimovic, en el encuentro jugado en el estadio San Siro de Milan.
Los rossoneri se retiraron al descanso sin haber podido romper el muro del equipo checo. Pero finalmente lograron encontrar el camino al gol en el segundo tiempo.
Cerca del final, Viktoria Plzen tuvo una gran ocasión de gol en uno de sus repetidos contragolpes. Su veterano capitán Pavel Horvath, de 36 años, remató apenas desviado desde el punto de penal.
Milan y Barcelona, que goleó a domicilio 5-0 al BATE Borisov, comparten la cima de la llave con cuatro puntos. Ambos habían empatado 2-2 en la primera fecha. Viktoria y BATE cierran con un punto cada uno.
El equipo italiano supo salir adelante pese a las ausencias de los delanteros brasileños Alexandre Pato y Robinho. Pero recuperó a último momento a Ibrahimovic, pieza fundamental de su ataque.