Fue vinculado a proceso por un juez federal, Carlos "N" alias "Don Carlos", identificado como uno de los principales operadores del Cártel Jalisco Nueva Generación (CJNG), quien trabajaba directamente bajo el servicio del líder Nemesio Oseguera Cervantes alias “El Mencho”.
De acuerdo con investigaciones de la Fiscalía General de la República (FGR), Don Carlos presuntamente abastecía de armas y vehículos a la organización criminal en Puerto Vallarta, Jalisco.
El Ministerio Público Federal adscrito a la Fiscalía Especializada en Materia de Delincuencia Organizada (FEMDO), lo imputó por su probable responsabilidad en delitos contra la salud en la modalidad de posesión con fines de comercio de fentanilo y clorhidrato de metanfetamina, así como posesión de arma de fuego y de cartuchos de uso exclusivo de las Fuerzas Armadas.
El juez de control del Centro de Justicia Penal Federal en el Reclusorio Norte, determinó que hay datos de prueba que hacen presumir su responsabilidad en los mencionados ilícitos, motivo por el cual lo vinculó a proceso. Además, impuso como medida cautelar la prisión preventiva, por lo que quedó recluido en el Centro Federal de Readaptación Social Número 13, en Oaxaca.
Pelayo Núñez fue detenido en enero por elementos de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena), Guardia Nacional (GN) y la Policía Federal Ministerial de la Agencia de Investigación Criminal (AIC), de la FGR, cuando ejecutaban una diligencia de cateo autorizada por un juez federal en un domicilio localizado en Puerto Vallarta.
En el operativo le aseguraron un arma de fuego larga, tres cargadores, 18 cartuchos, 889.6 gramos de clorhidrato de metanfetamina, dos mil 387 tabletas de fentanilo, ocho teléfonos celulares y un vehículo.
