El proceso de designación de nuevos magistrados se empata con los tiempos electorales. El senado tiene en sus manos el futuro del TEEP. Los asuntos en cartera de la exmagistrada, Claudia Barbosa, se han turnado a presidencia. 
El tribunal Estatal Electoral del Estado de Puebla se encuentra a la espera de que el Senado de la República determine los nombramientos de los nuevos magistrados.
Por el momento, el Tribunal cuenta con dos magistrados: el magistrado presidente, Adrián Rodríguez Perdomo; y la magistrada, María Luisa Rodríguez Bravo, quien fue nombrada por ministerio de ley.
Los expedientes que estaban a cargo de Claudia Barbosa Rodríguez, quien ya rindió protesta como consejera electoral, se han turnado al presidente del tribunal, Adrián Rodríguez Perdomo. Pero además, la propia Barbosa Rodríguez participa en la convocatoria del Senado para ser ratificada como magistrada en el tribunal electoral local.
Por el momento, no hay ninguna fecha de convocatoria para que el pleno se reúna. En tanto, el Senado exprese quienes son los nuevos magistrados, facultad que le confiere la ley.
Además, en caso de que se nombrará a un reemplazo de Barbosa éste tendría un paso muy breve por el tribunal debido a que el Senado está en vías de anunciar los nombres de los nuevos magistrados, ya que de acuerdo a la convocatoria para renovar este órgano colegiado.
De los actuales magistrados nombrados por el Congreso local sólo permanece Rodríguez Perdomo.
Tanto Unanue Bretón  como Barbosa Rodríguez , en la parte final de su encomienda judicial, criticaron con vehemencia el funcionamiento del tribunal.
La propia Barbosa criticó el nombramiento como magistrada del tribunal de María Luisa Rodríguez Bravo, señalando que el tribunal carece de facultades para designar a Rodríguez como magistrada.
El 22 de noviembre del 2012, el congreso del estado de Puebla nombró para el período 2012-2018 a Magistrados Propietarios a los ciudadanos: Francisco Javier de Unanue y Bretón, Claudia Barbosa Rodríguez y Ricardo Adrián Rodríguez Perdomo, y como Suplentes a: Jorge Eduardo Mendoza Martínez, Fernando Chevalier Ruanova y María Cecilia Guevara y Herrera.
La llegada de los magistrados obedeció a cuotas partidista entre el PRI y el PAN quienes mantienen en el Congreso local acuerdos legislativos.
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La confrontación
En diciembre del 2013, el TEPJF y el TEEP se enfrentaron visceralmente cuando el entonces, magistrado presidente, Javier Unanue Bretón criticó que el órgano federal revirtiera decisiones del tribunal estatal.
La Cuarta Sala Regional del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación exhortó al tribunal local a abstenerse de hacer declaraciones agresivas sin fundamentos en contra de las resoluciones de la instancia federal, además se aclaró que ésta no actúa por intereses y se apega a las razones jurídicas.
Durante la sesión de la Cuarta Sala Regional, con sede en el Distrito Federal, donde se resolvieron 14 juicios correspondientes a Puebla, entre ellos Coronango y Cuautlancingo, la magistrada presidente Janine Otálora Malassis se refirió a las críticas vertidas por el magistrado Francisco Javier Unanue Bretón el pasado 6 de diciembre, e indicó que su actitud no abona a la certeza jurídica ni para la transparencia.
La magistrada federal aclaró que el Tribunal Federal tanto en la Sala Superior como en las Regionales está abierto a la propuesta y la crítica pero no en la forma en que lo propone el Tribunal de Puebla, por lo que se exhorta a que en el futuro que no tenga ese tipo de actitudes.
Mientras, el magistrado Armando Maitret Hernández al hacer uso de la palabra dijo que fue un planteamiento agresivo que no es acorde al actuar de las instituciones electorales; además, recordó que él para ocupar el cargo, al igual que los demás magistrados participó en elección abierta cubriendo los requisitos. Sostuvo que en el Tribunal Federal hay argumentos, razones jurídicas y no intereses personales, y aclaró que no hay evidencia de que en Puebla existan pero cuestionar por no compartir un punto de vista muestra ser poco cuidadoso, imprudente y poco ético.
“Provengo del Tribunal más serio como lo es del Distrito Federal, pero además existen las instancias para que se debata y se analice, además de que el Tribunal a través de la Sala Regional convoca a eventos, temas, notificación, e insisto, los diálogos jamás se han cerrado, se está abierto al diálogo, y lo que se dictamina es con razones jurídicas, hay lugares y mecanismos, la sentencias tienen que expresar razones jurídicas, pero hubo un inexplicable posicionamiento airado de los magistrados”.
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Pero el Senado de la república está a la víspera de nombrar a los nuevos magistrados.
El pasado 22 de octubre la Comisión de Justicia del Senado señaló que se registraron 27 aspirantes y todos fueron elegibles. Los magistrados serán seleccionados para ejercer su cargo durante un plazo de 7 años.
El 26 de octubre el senado dio a conocer la lista de los aspirantes elegibles al cargo de magistrado pero aún no han realizado su entrevista.
Ricardo Rodríguez Perdomo, María Luisa Rodríguez Bravo, Claudia Rodríguez Barbosa, Jorge Sánchez Morales, Pericles Olivares Hernández, Ricardo Velázquez Cruz, César Iván Bermúdez Minutti, Juan Manuel Crisanto Campos, Edgar Sánchez Farfán, Rosalba Velázquez Peñarrieta, Miguel Cuauhtémoc Luna Mendoza, Héctor Enrique Reyes Pacheco, Fernando Chevalier Ruanova, Alberto Javier Segovia Blumenkron, Eligio Sierra Peña, Rubén de la Rosa Gómez, Octaviano Escandón Báez, René Lazard Acosta, Jesús Gerardo Saravia Rivera, Rubén de la Rosa Gómez, Luis Enrique Alpizar González, Adolfo Raymundo Rivera Gallardo, Paola Pérez Bravo Lanz, Rafael Daza Galicia, María Cecilia Guevara y Herrera, José Fidel Pérez Torres y Ubaldo Alberto Hernández Ponce.