Facundo Rosas dejó el cargo en la Policía Federal a principios de 2012 tras la muerte de tres personas en el desalojo de estudiantes en la Autopista del Sol a Acapulco. También se le vincula con una de las delincuentes que presuntamente participaron en el secuestro de Fernando Martí en 2008, a quien le dio trabajo en la Secretaría de Seguridad Pública federal.
De acuerdo a información del periódico La Jornada, Facundo Rosas incumplió al menos en dos ocasiones, en 2007 y 2009, en la realización de los exámenes de confianza.
Una carta que Edgar Valdez Villarreal, “La Barbie”, envió al periódico Reforma, implica a Facundo Rosas en recibir dinero del narcotráfico desde 2002.